În 2004, Adunarea parlamentară a Consiliului Europei a ales Secretarul General, Terry DAVIS, pentru o perioadă de cinci ani; el răspunde de orientarea strategică  a programului de lucru şi de bugetul Consiliului Europei şi controlează gestionarea zi de zi a Organizaţiei şi Secretariatului.

Secretarul General defineşte priorităţile şi stabileşte Programul de activitate interguvernamental, pentru aprobarea anuală de către Comitetul Miniştrilor. Secretarul General este responsabil de executarea programului cu ajutorul Secretariatului. Programele de cooperare interguvernamentale sunt coordonate mai întâi de toate de către direcţiile care se ocupă de principalele domenii de activitate ale Organizaţiei.

Secretarul General a expus priorităţile definite de Consiliul Europei pentru a construi o Europă nouă şi unită, fondată pe democraţie, drepturile omului, preeminenţa dreptului. Aceste priorităţi sunt:

• definirea de comun cu Statele membre a rolului şi responsabilităţilor Consiliului şi fixarea unui mandat clar;
• consolidarea normelor democratice şi vegherea asupra respectării lor de către State;
• tratarea securităţii şi a criminalităţii în Statele membre, în special, a corupţiei, spălării capitalurilor, criminalităţii în spaţiul cibernetic, traficului de fiinţe umane, traficului de droguri;
• punerea în acţiune a programelor speciale privind drepturile omului, democraţia, refugiaţii, coeziunea socială, cultura şi problemele mediului ambiant;
• definitivarea noilor iniţiative pentru a lupta împotriva terorismului internaţional;
• lupta împotriva torturii şi a tratamentelor inumane sau degradante;
• combaterea rasismului, antisemitismului şi a islamofobiei;
• promovarea egalităţii şi a tratamentelor echitabile fără deosebire de sex, etnie, convingere religioasă sau politică;
• tratarea într-o manieră justă şi echitabilă a tuturor ţărilor, oricare ar fi suprafaţa lor, bogăţia sau implantarea lor geografică;
• constituirea unor relaţii mai eficiente cu Uniunea Europeană, Naţiunile Unite, OSCE şi organizaţiile regionale şi neguvernamentale;
• evaluarea rezultatelor acţiunilor întreprinse pentru ameliorarea eficacităţii şi vizibilităţii Consiliului Europei.